Die Schlacht von Mogersdorf - St. Gotthard endete mit einer schweren, wenn auch keineswegs vernichtenden Niederlage der Osmanen. Auf beiden Seiten war die Bereitschaft, Frieden zu schließen, groß. In Wien sah man den heraufziehenden Konflikt mit Frankreich um das spanische Erbe als wichtiger an. Der Oberbefehlshaber der osmanischen Armee, Fazil Achmed Pascha, fürchtete ein Übersetzen der christlichen Truppe über die Raab. Mit Zusrimmung des Kaisers wurde der Krieg daher beendet. Achmed Pascha zig sich nach Belgrad zurück.
Schon am 9. August 1664, also nur wenige Tage nach der Schlacht, wurde der Friedensvertrag von Eisenburg abgeschlossen und vom bevollmächtigten habsburgischen Gesandten Simon Reniger von Reningen und dem Großwesir Ahmed Pascha unterzeichnet. Am 27. Oktober wurden die von beiden Herrschern ratifizierten Verträge ausgetauscht. Beide Seiten anerkannten den Status quo. Zickelhid musste geschliffen werden, Neuhäusel und Novigrad wurden in den Vertragstext nicht aufgenommen, blieben also im Besitz der Osmanen. Der Pascha verzichtete auf alle Tributforderungen. Der Vertrag umfasste 10 Punkte. Die ersten drei Punkte bezogen sich auf Siebenbürgern. Die Habsburger gaben die von ihnen gemachten Eroberungen heraus. Beide Seiten mussten ihre Truppen abziehen. Die Festung Zickelhid sollte total zerstört und nicht wieder aufgebaut werden. Im fünften Punkt wurde bestimmt, dass alle Verursacher von Konflikten und Unruhen auf beiden Seiten bestraft werden sollten. Der sechste Artikel sah vor, dass die Grenzfestungen, die Kanizsa bedrohten, abgerissen werden sollten. Neu - Zrin durfte nicht wieder aufgebaut werden. Der Kleinkrieg an der Grenze sollte beendet werden, im neunten Punkt wurde ein Vorgehen gegen das Bandenunwesen vereinbart. Der siebenbürgische Adel, der auf der einen oder anderen Seite Zuflucht gesucht hatte, durfte zurückkehren und bekam seine Besitzungen wieder. Dem Kaiser wurde gestattet, an der Waag eine neue Festung zu errichten. Der zehnte Punkt schließlich sah den Austausch von Großbotschaften und den Austausch von "Geschenken" vor.Der Kaiser sollte dem Sultan 200 000 Taler zahlen. Der Vertrag sollte 20 Jahre lang gültig sein. Neu an diesem Vertrag war, dass - nicht wie im Frieden von Zsitvatorok - der Sultan nicht nur für seine Person den Frieden garantierte, sondern auch für die zukünftigen Herrscher des ormanischen Reiches.
Der Austausch der Großbotschaften erfolgte dann 1665. Die osmanische Regierung entstandte am 31. Jänner 1665 Kara Mehmed Pacha , Gouverneur von Rumelien, nach Wien. Dort traf er am 8. Juni ein und verblieb neun Monate dort. Der Einzug erfolgte mit prächtigem Gefolge und erregte große Aufmerksamkeit. Wertvolle Geschenke wurden überreicht. Der Gegenbesuch am 1. August unter der Leitung von Walter Leslie in Istanbul und Edirne rief ebenfalls große Aufmerksamkeit in ganz Europa hervor. Leslie überbrachte die im Vertrag festgelegten "Geschenke" im Wert von 200 000 Talern. Leslie machte Vorschläge zur Verbesserung des Handels, die von den Osmanen angenommen wurden. Händler aus Hamburg, Bremen, Lübeck, Danzig und aus den habsburgischen Ländern wurden zugelassen. der Bau einer Kirche allerdings nicht erlaubt. Auch die Verminderung des Tributes von Siebenbürgen und die Neuregelung der Grenze wurde von den Osmanen nicht gestattet. Sie sahen alle Fragen Siebenbürgen betreffend als innere Angelegenheit. Insgesamt waren aber die Osmanen nunmehr offensichtlich bereit, nicht mehr ihre Überlegenheit in den Vordergrund zu stellen und dem Kaiser auf gleicher diplomatischer Ebene zu begegnen.
Der Friede von Eisenburg brachte also der in Mogersdorf siegreichen christlichen Koalition kaum Vorteile. Dies erregte in ganz Europa große Verwunderung. Bei objektiver Betrachtung muss man aber zugestehen, dass der Erfolg in der Schlacht keineswegs allein entscheidend war. Die Osmanen hatten zuvor ja einige Gebiete erobert und verfügten wohl noch immer über eine überlegene Militärmacht. Verheerend aber war die Wirkung dieses "Schandfriedens" in Ungarn und Siebenbürgen.
Siebenbürgen war immer mehr den Eingriffen der Osmanen ausgesetzt. Georg II. Rákóczy hatte 1657 einen Feldzug gegen Polen gestartet, ohne die Zustimmung des Sultans. Er wurde schwer geschlagen und Siebenbürgen verank in einen Bürgerkrieg. An den Grenzen standen die Polen und die Tataren verheerten Karlsburg. Die Osmanen unterstützten àkos Barcsay gegen Rákoczy, auch militärisch. 1660 fiel dieser in der Schlacht von Szászfenes. Ali Pascha belagerte die wichtigste Festung des Landes, Großwardein (Oradea). Eine kaiserliche Armee, die in der Nähe lagerte, kam nicht zur Hilfe. Janos Kemény wurde mit Unterstützung Wiens zum neuen Fürsten Siebenbürgens gewählt. Unterstützt vom ungarischen Landtag und dem Palatin Wesselényi sowie Montecuccoli forderte er vom Sultan die Abtretung Siebenbürgens, verlor aber Schlacht und Leben. Sein Rivale Michael Apafi wurde vom Sultan unterstützt.
1663 griffen die Kämpfe auf das ungarische Königreich über. Der Sultan sah den Friedensvertrag durch den Bau von kaiserlichen Festungen verletzt: Neu - Zrin, Zickelhid und durch die Eroberung von Klausenburg durch kaiserliche Truppen. Der Sultan war zum Krieg entschlossen. Die Festung Neuhäusl wurde belagert und erobert. An den Kämpfen nahmen auch - und das ist für die spätere Beurteilung des Friedens von Vasvár wichtig - eine große Anzahl an ungarischen irregulären Truppen teil. Wesselényi richtete einen dramatischen Aufruf an die Komitate und die ungarischen Freistädte und ordnete das Adelsaufgebot an, bald darauf das allgemeine Aufgebot. Die Mobilisierung ging nur schleppend vor sich. Am 4. September 1683 wandte sich der Palatin in einem dramatischen Aufruf in Ödenburg an die Stände. Im September versammelten sich im Komitat Eisenburg adelige Aufgebote und von den Ständen aufgestellte Truppen. Am Fall von Neuhäusl konnten sie aber nichts ändern. Die versammelten ungarischen Truppen gingen wieder nach Hause. Dem Ban von Kroatien, Nikolaus Zrinyi, und dem Kommandanten der Rheinbundtruppen konnten aber noch im Dezember 1663 einen Winterfeldzug starten. Auch Paul I. Esterházy wurde zur Teilnahme aufgefordert, zusammen mit Christoph Batthyány. Sie eroberten Fünfkirchen und plünderten die Stadt. Ein Erfolg war auch die Zerstörung der Brücke von Esseg. Dann brachen Streitigkeiten unter den Anführern aus und es Begann der Rückzug. Die daraufhin gestartete Belagerung von Kanizsa musste abgebrochen werden, da das osmanische Heer nahte.
Der Aufmarsch der Koalitionstruppen wurde in Ungarn begrüßt. Man sah eine große Chance und hoffte auf eine Rückeroberung Ungarns. Zunächst aber gab es weitere Rückschläge. Am 14. Juli wurde Kiskom´rom den Türken übergeben, bald darauf die Burg Egerszeg, wo man sogar die Kanonen, Waffen und Schießpulver den Osmanen überließ. Zahlreiche weitere kleine Grenzburgen wurden von den Osmanen zerstört. An der Schlacht von Mogersdorf waren auch ungarische Truppen beteiligt. Der Sieg weckte große Hoffnungen auf eine Befreiung Ungarns. Umso mehr schockierte dann der Friede von Eisenburg den ungarischen Adel und die Stände, die an den Verhandlungen und am Abschluss nicht beteiligt waren. Besonders verbitterte der Verlust der Festungen sowie der Territorien, die von den Osmanen erobert worden waren, und von vier oberungarischen Komitaten. Die Osmanen blieben die Herren von Siebenbürgen. Es folgte eine landesweite Empörung in ganz Ungarn, zumal die Unzufriedenheit ohnedies schon lange schwelte. 1658 hatte eine katholische Synode die im Linzer und Wiener Frieden gewährte Religionsfreiheit aufgehobden und die Gegenreformation eingeleitet. Heftige konfessionelle Konflikte brachen auf, die durch die Türkengefahr nur vorübergehend gedämpft wurden. Nun brachen diese Konflikte vor allem in Oberungarn wieder auf. Der ungarische Adel interpretierte den Frieden von Eisenburg als bewussten Versuch der Habsburger, ungarische Interessen zu schmälern. Die "Magnatenverschwörung" war im Entstehen.
Schon bald nach der Schlacht von Mogersdorf suchten ungarische Magnaten den Kontakt zu Ludwig XIV. von Frankreich. Peter Zriniyi hatte schon früher, im Mai 1664, dem französischen König ein antihabsburgisches Bündnis vorgeschlagen. Im Herbst 1665 wurden diese Bestrebungen wieder aufgenommen und auch von Franz Nadásdy aufgegriffen. Der in Ödenburg wohnende - von den Bürgern der Stadt wegen seiner Umtriebe keineswegs geachtete - Anwalt István Vitnyédy arbeitete ein Konzept für ein Bündnis aus. Der französische Gesandte in Wien unterhielt Kontakte zur ungarischen Opposition. Nach dem Friedensvertrag von Aachen 1668 aber mussten die Ungarn diese Hoffnung aufgeben. Das Bündnis des Palatins Wesselenyi mit dem Landrichter Franz Nadasdy und dem kroatischen Ban Peter Zrinyi (Sein Bruder Nikolaus war bei einer Wildschweinjagd ums Leben gekommen, was manche eine habsburgische Verschwörung vermuten ließ) wurde zum Kern der Magnatenverschwörung. Das Ziel war der Sturz der Habsurger und die Anerkennung der osmanischen Oberherrschaft über ein autonomes Ungarn. Den Osmanen wurden jährliche Tributzahlöungen von 20 000 bis 100 000 Taler zugesichert. Die Verschwörung wurde schon bald in Wien bekannt und auch die Uneinigkeit der Verschwörer trug zum Scheitern des Unternehmens bei. Die Osmanen zeigten kein Interesse, den Aufstand zu unterstützen.