Das frühe Christentum breitete sich im 2. Jahrhundert im Römischen Reich immer mehr aus. In Pannonien finden sich im Süden der Provinz erste Hinweise. Von dort und von Aquileia aus errechte die neue Religion wahrscheinlich im 3. Jahrhundert auch den Nordwesten der Provinz. Die ersten sicheren Belege stammen allerdings erst aus dem 4. Jahrhundert. Ohne Zweifel haben die hier weit verbreiteten orientalischen Erlösungsreligionen auch dem Christentum den Boden bereitet.

Um 400, als das Christentum längst Staatsreligion war, sind die großen Städte Savaria, Scarabantia und Carnuntum zugleich auch Bischofssitze. Man darf sich allerdings noch keine große Pfarrorganisation vorstellen. Der Bischof war für seine Stadt und den ganzen riesigen Landbezirk zuständig und übte hier die priesterlichen Aufgaben aus. Er konnte Diakone und Presbyter weihen, die ihm zur Seite standen. Natürlich brauchte auch das Christentum einige Zeit, um sich als alleinige Religion endgültig durchzusetzen. In den ländlichen Regionen werden die alten heidnischen Götter und Kulte noch lange die Hauptrolle gespielt haben.

579 tagte in Grado eine Synode, an der auch ein Virgil, "episcopus scarabansiensis", teilnahm. Es gab also in Scarbantia - Ödenburg einen Bischof. Die Zuordnung ist freilich nicht unumstritten. Virgil könnte mit dem Abzug der Langobarden nach Italien nach Grado gekommen sein.

Die ersten christlichen Kultstätten waren auch in Pannonien Gebetsräume in Privathäusern. Erst im 4. Jahrhundert entstand etwa in Scarbantia – Ödenburg die erste christliche Kirche, vermutlich dort, wo zuvor das Heiligtum der kapitolinischen Trias gestanden hatte. Die Statuen der Götter Juppiter, Juno und Minerva wurden zerstört und als Baumaterial verwendet. Auf den großen Gutshöfen wurden kleine saalartige Kirchen gebaut. Ein gutes Beispiel dafür ist in der Donnerskirchener Villa zu erkennen. Dort fand man auch die Überreste des heute im Landesmuseum rekonstruierten berühmten Altartisch aus Marmor. Derartige Tische waren vor allem bei den arianischen Christen üblich. Ähnliche Hallenkirchen gab es wahrscheinlich auch in den Gutshöfen von Bruckneudorf, Eisenstadt und Deutschkreutz.

Unter den frühen Christen Pannoniens sind vor allem zwei berühmt: der Heilige Quirinus, der als erster Märtyrer Pannoniens gilt, und der Heilige Martin, der in Savaria geboren wurde.

Quirinus war Bischof von Siscia, der in der Zeit der Verfolgungen aus seiner Stadt floh, gefangen genommen wurde und dem Statthalter von Oberpannonien, Amantius übergeben wurde. Amantius, der sich auf einer Inspektionsreise befand, soll den Gefangenen zwischen Scarabantia und Savaria übernommen haben, ließ ihn aber für die Durchführung des Prozesses nach Savaria bringen. Quirinus wurde zum Tode verurteilt und mit einem Mühlstein um den Hals in den Fluß geworfen. Später sollten die vor den Barbaren weichenden römischen Christen die Reliquien des Heiligen nach Rom gebracht haben.

Der Heilige Martin, heute Landespatron des Burgenlandes, wurde 316 oder 317 in Savaria geboren. Er war der Sohn eines römischen Offiziers. Als Zwölfjähriger flüchtete er in eine Kirche und verlangte trotz des Widerstandes seiner Eltern die Aufnahme unter den Katechumenen. Sein Vater zwang ihn jedoch dazu, Soldat zu werden. Nach seinem Militärdienst in Gallien kehrte Martin angeblich nach Savaria zurück und bekehrte auch seine Mutter zum Christentum. In Savaria kam Martin in Konflikt mit den dortigen Arianern. Er musste weichen und kehrte nach Gallien zurück, wo er bei Poitiers ein Kloster gründete. Er wurde zum Bischof von Tours gewählt, behielt aber seine mönchische Lebensweise bei. Im Kloster Marmoutier bildete er Mönche aus. Nach seinem Tod im Jahre 397 stritten Poitiers und Tours um seinen Leichnam. Er wurde in Tours begraben. Der Merowingerkönig Chlodwig machte den Heiligen Martin von Tours zum Schutzpatron des fränkischen Königreiches. Mit der Eroberung des Awarenreiches kehrte der Heilige Martin mit den neuen baierisch - fränkischen Herrn in das pannonische Ostland zurück, wo ihm viele Kirchen geweiht wurden. Fraglich ist freilich - da nicht zu beweisen -  die Gründung von Martinskirchen in der Karolingerzeit, etwa in Donnerskirchen, Mattersburg, Eisenstadt, Markt St. Martin, Mogersdorf, Sankt Martin an der Raab ... Es war nahe liegend, den Heiligen Martin zum Schutzpatron des Landes Burgenland zu machen.

Über die Herkunft des Heiligen Martin gab und gibt es noch immer Meinungsverschiedenheiten in der Forschung. Der Biograph Sulpicius Severus schreibt, dass Martinus aus Sabaria, einer Stadt in Pannonien, stammte. Demnach wäre Martinus 316 oder 317 in Steinamanger/Szombathely geboren worden. Andere vertreten die Ansicht, der Geburtsort wäre in der Nähe des späteren Benediktinerstiftes St. Martinsberg (Pannonhalma) gelegen. Davon ist aber erst 791, in den Annalen des Chronisten Einhard die Rede.