Um die Versorgung des Landes mit Einrichtungen des Gesundheitswesens war es zur Zeit des Anschlusses an Österreich nicht gut bestellt. Zwar gab es in den größeren Orten Ärzte, in den Bezirksvororten auch einige Fachärzte, die Krankenhäuser waren aber unzureichend. Krankenhäuser gab es In Kittsee, in Eisenstadt, in Oberwart und in Güssing. Oberwart und Güssing waren öffentliche Krankenhäuser, zwei waren kirchliche Einrichtungen: Das Krankenhaus der Barmherzigen Brüder in Eisenstadt und das der Barmherzigen Schwestern in Pinkafeld, das in ein Siechenheim umgewandelt wurde. Das von Dr. Ladislaus Bathyany in Kittsee gegründete Privatkrankenhaus wurde 1921 geschlossen Es wurde 1923 von der Burgenländischen Landesregierung übernommen und als öffentliches Krankenhaus wieder eröffnet. Das Spital der Barmherzigen Brüder in Eisenstadt wurde 1760 gegründet. 1921 war es hoffnungslos veraltet, hatte noch keinen elektrischen Strom und keine sanitären Anlagen. Auch das Komitatsspital in Güssing befand sich in einem desolaten Zustand, das Krankenhaus in Oberwart verfügte über 45 Betten. Die Bettenkapazität dieser wenigen Krankenhäuser reichte bei weitem nicht aus. Viele burgenländische Patienten mussten in Niederösterreich, Wien oder in der Steiermark behandelt werden. Ein zweites Alten- und Siechenheim wurde in Neudörfl eröffnet. Ab 1926 wurde des Oberpullendorfer Krankenhaus gebaut und 1929 eröffnet.
Nach dem Zweiten Weltkrieg mussten die Spitäler erneuert werden. Die weit verbreitete Tuberkulose wurde durch Reihenuntersuchungen bei Kindern und Jugendlichen bekämpft, 1956 wurde die Landeslungenheilanstalt am Hirschenstein eröffnet. Sie wurde 1987 in ein Pflegeheim umgewandelt. Trotz des Ausbaues der Spitäler bestand bestand ein Mangel an Fachabteilungen. 1976 schuf die Krankenanstaltengesetzesnovelle die Grundlage für deren Ausbau. Eisenstadt und Oberwart wurden zu Schwerpunktkrankenhäusern erklärt. 1992 wurden die Landeskrankenanstalten und Pflegeanstalten aus der Landesverwaltung ausgegliedert und 1993 der Burgenländischen Krankenanstalten Ges.m.b.H. (KRAGES) übertragen, die die Krankenhäuser Kittsee, Oberpullendorf, Oberwart und Güssing, das Pflegezentrum Hirschenstein und die Gesundheits- und Krankenpflegeschule Oberwart mit einer Expositur Frauenkirchen verwaltet. Die Pflegeheime Neudörfl und Oberpullendord wurden von der Burgenländischen Pflegeheimbetriebs-G.m.b.H. (51 % KRAGES, 49 % VAmed) übernommen. 2002 entstand der Psychosoziale Dienst Burgenland G.m.b.H, ab 2005 mit einer Fachstelle für Suchtprävention.
1921 gab es im ganzen Land nur 60 Ärzte, 1922 waren es 122. Nach 1945 waren viele Arztpraxen verwüstet und geplündert und mussten neu aufgebaut werden.1971 gab es im ganzenh Land 256 Ärzte. Die Versorgung mit praktischen Ärzten war aber schon bald gegeben. 2010 gab es im Land 482 Ärztinnen und Ärzte. Erst in jüngster Zeit machen sich wieder Versorgungslücken, vor allem im Mittel- und Südburgenland, bemerkbar. Lange Zeit fehlte es an Fachärzten. Erst in den 1990er Jahren konnte dieser Mangel behoben werden. 2010 praktizierten 596 Fachärzte und 108 Zahnärzte.2019 gab es 1277 Ärzte.Die Säuglingssterblichkeit lag 1921 bei 1549, 1971 bei 90, 2019 bei 9. Heute fördert das Land Investitionen in die Arztpraxen und vergibt Stipendien für Medizinstudenten. Der Mangel an Allgemeinmedizinern in den Dörfern macht sich aber auch im Burgenland bemerkbar. 1978 wurde eine Krankenpflegerschule in Oberwart eröffnet, 2008 eine Expositur in Frauenkirchen. Auch in Pinkafeld gibt es neue Ausbildungsmöglichkeiten für Krankenhauspersonal. Jüngste Erfolge in der Vorsorgemedizin war das Dickdarmvorsorgeprogramm und das recht erfolgreiche Management in der COVID-Pandemie mit der höchsten Impfquote in Österreich.
Die durchschnittliche Lebenserwartung stieg auch im Burgenland stark an. 1971 lag es bei den Frauen bei 73,6, bei Männern bei 66,1 Jahren. 2019 betrug sie bei den Frauen 84,3, bei den Männern 79,3 Jahre.
1992 gründete das Land die "Burgenländische Kraknenanstalten GesmbH (KRAGES). Die Krankenhäuser wurden aus der Hoheitsverwaltung des Landes ausgegliedert und einem gemeinsamen Management unterstellt. Mit dem regionalen Strukturplan Burgenland wurden fünf Spitalsstandorte garantiert. Die beiden Schwerpunktkrankenhäuser Eisenstadt und Oberwart werden ausgebaut, die kleineren Krankenhäuser spezialisierten sich, Oberpullendorf etwa auf die Augenheilkunde. Das neue Krankenhaus in Gols wird in den näüächsten Jahren gebaut.
In den letzten Jahrzehnten wurden die sozialen Dienste stark ausgebaut. Die wichtigsten Träger sind das Rote Kreuz, das Burgenländische Hilfswerk, Caritas, Volkshilfe und Diakonie. Vereine bieten Hauskrankenpflege u.a. an. Es gibt 40 Alten- und Pflegeheime mit insgesamt 1804 Betten (2010). Ihre Zahl nimmt ständig zu.1946 entstand der Landesverband des Roten Kreuzes mit 7 Bezirksstellen. Neben Rettungs- und Krankentransporten gewinnen die sozialen Dienste immer mehr an Bedeutung
Güssing
Relativ alt ist das Güssinger Krankenhaus. Dort wurde schon 1855 ein Fonds zum Bau eines Krankenhauses eingerichtet. 1877 wurde die Gemeinde vom Stuhlrichteramt aufgefordert, ein Spital zu bauen. Das Geld reichte jedoch nicht, sodass ein Gebäude gemietet wurde mit nur einem Zimmer, in dem unbemittelte kranke Bewohner untergebracht werden konnten.. 1894 wurde mit der Errichtung eines Gemeinde-Krankenhauses begonnen. Es wurde 1900 eröffnet. Die Gemeinde konnte die Kosten allein nicht aufbringen, so wurde aus dem Gemeindekrankenhaus ein "Allgemeines Krankenhaus", vom Komitat gefördert. 1903 übernahm das Komitat das Krankenhaus. Während des Ersten Weltkrieges war es ein Kriegsspital. 1921 war es in einem desolaten Zustand. 1922 übernahmen Franziskanerinnen die Pflege, 1924 wurde es ausgebaut, eine Röntgenstation eingerichtet. 1945 wurde das Gebäude von den Russen geplündert und weitgehend zerstört. 1956 wurde ein Zubau errichtet, 1972 wurde das Krankenhaus auf 200 Betten erweitert.
Größere Bedeutung für das Südburgenland hatte das Oberwarter Krankenhaus. 1893 wurde der "Oberwarther Bezirks-Krankenhausverein" gegründet, dem sich auch Mitglieder aus den Dörfern anschlossen.Die Gemeinde Oberwart stellte unentgeltlich einen Bauplatz zur Verfügung. Aber erst 1903 wurde der Verein wieder aktiv. Gräfin Emmy Erdödy, eine geborene Gräfin Szechenyi, setzte sich ebenfalls für den Bau ein. Im Sommer 1905 wurde ein großes Fest veranstaltet, dessen Reinerträge über 14 000 Kronen dem geplanten Bau zu Gute kommen sollten. Die Oberwarter Zeitung richtete sogar an die Landsleute in Amerika einen Aufruf. In Chicago wurde ein Sommerfest veranstaltet. 1906 wurde erneut über einen geeigneten Bauplatz diskutiert, 1908 wurde der Baubeginn beschlossen. Das Vereinsvermögen betrug inzwischen 84 000 Kronen. 1910 wurde mit dem Bau begonnen, im Oktober 1911 erfolgte die feierliche Einweihung mit 45 Betten. Bald darauf wurde das Öffentlichkeitsrecht erteilt. 1912 erfolgte die Umwandlung in ein Stiftungskrankenhaus. 1925 wurde das Krankenhaus baulich erweitert und 1931/32 zu einem für damalige Verhältnisse sehr modernen Krankenhaus mit einer internen und einer chirurgischen Abteilung umgebaut. 1932 verfügte das Krankenhaus über 95 Betten. 1939 wurde die Stiftung aufgelöst und das Krankenhaus als Gaukrankenhaus dem Reichsgau Steiermark übergeben. Dem ärztlichen Leiter Wilhelm Smital wurden Zwangssterilisationen und "rassische Begutachtungen" vorgeworfen. Er war nach seiner Flucht Leibarzt des Schahs von Persien. In den letzten Kriegsjahren war das Krankenhaus ein Lazarett und wurde bei Kriegsende geplündert. Dank der großen Spendenbereitschaft konnte das Krankenhaus aber schon Ende Mai 1945 wieder eröffnet werden. 1953/54 erfolgte der Zubau der Internen Abteilung und 1961 eine Säuglingsabteilung. Die Pflege erfolgte durch die Barmherzigen Schwestern des Hl.Vinzenz von Paul, ab 1978 vom zivilen Pflegepersonal.
1966 wurde das Krankenhaus zum Schwerpunktkrankenhaus erklärt. 1974 begann das Land mit dem Neubau eines Krankenhauses. Das Grundstück in der Dornburggasse stellte die Gemeinde kostenlos zur Verfügung. Aber auch im Altbau wurden noch einige Abteilungen in Betrieb genommen (Unfallchirurgie, Anästhesie, Radiologie, Dialysestation). Neu wurden Urologie, Gynäkologie eingerichtet. Bis 1992 wurden alle diese Abrwilungen in das neue Krankenhaus übersiedelt. 2001 erwarb die Gemeinde das Gelände des alten Krankenhauses, das von der OSG aberissen wurde. Dort entstand eine Anlage mit 155 Wohnungen und 94 betreubaren Wohnungen.
2004 wurde erstmals überlegt, das neue Krankenhaus zu sanieren. Die Kosten wurden 2010 auf 100 Millionen Euro geschätzt. 2013 wurde der Neubau des Krankenhauses bekannt gegeben. Es sollte 2021 fertiggestellt sein. 2018 wurden alle Pläne neu überarbeitet. 2020 wurde mit dem Neubau begonnen. Er soll 319 Betten umfassen und 2024 in Betrieb gehen. Die Gesamtinvestitionssumme soll unter 235 Millionen Euro liegen.
EisenstadtDas "Bürgerspital" in Eisenstadt war ursprünglich ein Armenhaus. Brüder des St.Georg-Ritterordens pflegten dort Kranke. Es stand dort, wo sich heute die Bank Burgenland befindet. 1732 wurde eine Kapelle mit Turm angebaut. Dieses alte Spital wurde 1932 abgerissen. Die Esterhazy unterhielten ebenfalls ein Spital. 2008 wurden bei der Neugestaltung des Kalvarienbergplatzes Fundamente freigelegt, die vermutlich dem Armenhaus, das Paul I. Ende des 17. Jahrhunderts einrichtete, zuzuordnen sind. 1711 wurde dieses Armenhaus den Franziskanern übergeben. Später wurde ein Armenhaus für Alte und Kranke in der Esterhazystraße errichtet. Daraus entstand das Spital der Barmherzigen Brüder, mit Kirche und Apotheke. 1759/1760 übergab Paul Anton II. Esterházy das Haus einschließlich einer Kirche (Salvator mundi, vermutlich 1739 erbaut) und eine ältere Vorgängerkapelle mit Genehmigung Maria Theresias den Barmherzigen Brüdern. Sie erbauten ein neues Spital und Konvent, die Kirche, ein hochbarocker Bau, wurde dem Hl. Antonius von Padua geweiht. Das Spital hatte zunächst nur 8 Betten. Der zweigeschossige Anfangsbau wurde im Jahre 1930 um ein drittes Geschoß erweitert. 1933 hatte das Spital eine Kapazität von 50 Betten. 1931 wurde eine chirurgische Abteilung eingerichtet, 1933 der erste Röntgenapparat in Betrieb genommen. 1938 wurde das Krankenhaus enteignet, 1939 erhielt es das Öffentlichkeitsrecht. Das Krankenhaus wurde 1939 mit Einschränkungen den Barmherzigen Brüdern zurückgegeben.
Das Krankenhaus war - als einziges im Nord- und Mittelburgenland - von größter Bedeutung und wurde nach1945 ausgebaut.1957 wurde die Abteilung für Innere Medizin gegründet. Nach 1959 entstanden viele neue Abteilungen: 1959 HNO, 1965Gynäkologie, 1976 Kinderheilkunde, 1979 Unfallchirurgie. 1980 wurde das Krankenhaus zum Schwerpunktkrankenhaus für das nördliche Burgenland erklärt und die systemisierte Bettenzahl mit 470 festgelegt. Der erste Kooperationsvertrag mit dem Land Burgenland wurde abgeschlossen. 1981 wurde die Abteilung für Anästhesiologie und Intensivmedizin eingerichtet. 1982 nahm die Unfallambulanz in Frauenkirchen den Betrieb auf. Seit 1984 wird die Leistung der Hauskrankenpflege angeboten.
In den Jahren 1994 bis 1998 wurde der sogenannte Jubiläumsbau errichtet. Im Mai 1996 übersiedelten die Konvente der Brüder und der Schwestern ins Spitzerhaus. Die frei gewordenen Räumlichkeiten wurden in die Umstrukturierung des Krankenhauses einbezogen. 2003 entstand der Fachschwerpunkt für Orthopädie und orthopädische Chirurgie. 2006 wurde die Versorgungsregion Ost für die Akutversorgung des Myocardinfarktes als Kooperation der Krankenhäuser Wiener Neustadt, Mödling und Eisenstadt gegründet. Der Fachschwerpunkt für Orthopädie und orthopädische Chirurgie wird in eine Vollabteilung umgewandelt. 2007 erfolgte Gründung der Abteilung für Psychiatrie und Psychotherapie.
2008 wurde der bestehende Kooperationsvertrag adaptiert und an die neuen Gegebenheiten angepasst.
2009 wurde das neue Parkdeck mit rund 600 Stellplätzen errichtet. 2010 wurde das 250jährige Bestandsjubiläum gefeiert und im gleichen Jahr war Baubeginn für den sogenannten „Zubau Nord“ - heute Haus A . 2012 wurde der "Zubau Nord" - heute Haus A. in Betrieb genommen. 2015 erfolgten weitere bauliche Maßnahmen (Haus C) . Im Oktober nahm die Interdisziplinäre Tagesklinik den Vollbetrieb (operative Fächer) auf. Im November ging die Palliativstation in Betrieb und einen Monat später die Abteilung für Neurologie inklusive Schlaganfallstation (Stroke Unit). 2018 wurde das Brustgesundheitszentrums und der Intermediat Care Unit -IMCU II. in Betrieb genommen.
2019 Wiedereröffnung des Konvents.