Die neuerliche Bestätigung der habsburgischen Besitzungen in Westungarn ging nicht reibungslos vor sich. Wieder protestierten die antideutschen, "nationalungarischen" Magnaten, vor allem, weil von diesen westungarischen Herrschaften aus ja immer wieder der Anspruch der Habsburger auf die ungarische Krone erneuert werden konnte. Maximilian aber musste - nach einem weiteren Versuch, Fuß zu fassen, seine Ansprüche zunächst zurückstellen.
In den den folgenden Jahrzehnten, zur Zeit der ärgsten Türkennot und der Teilung des ungarischen Königreiches, trat die Frage nach der "Rückstellung" der Herrschaften in den Hintergrund, zumal ja nach Mohacs die Habsburger auch Könige von Ungarn waren. Aber noch im 16. Jh. wurden mehrere Reichstage mit der Frage befasst. Fast alle habsburgischen Könige Ungarns mussten bei ihrer Krönung die Rückstellung versprechen, ohne diese dann tatsächlich zu verwirklichen.
Dies änderte sich im 17. Jh., als die Stände- und Religionskämpfe in Ungarn die Habsburger immer wieder in große Schwierigkeiten brachten. Im Bocskaiaufstand von 1605/6 und danach wurde die Rückstellung immer heftiger gefordert. 1621, im Frieden von Nikolsburg, wurde dann der entscheidende Schritt gesetzt. Die Habsburger gaben nach und lieferten ihre westungarischen Herrschaften den magyarischen Magnaten aus. Die Esterhazy erhielten 1622 Eisenstadt und Forchtenstein. Damit endete die 200 jährige de-facto- Zugehörigkeit weiter Teile des Nord- und Mittelburgenlandes zu Österreich und auch die Periode des wirtschaftlichen Wohlstandes, die damit verbunden war.
Aber nicht nur die Ungarn waren bedacht, die westungarischen Herrschaften ihrem Königreich zu erhalten. Die österreichischen Stände legten eine recht zwiespältige Haltung an den Tag. In politischer Hinsicht nahmen sie in Westungarn wohl Einfluss, bei den Zöllen und vor allem bei der Einfuhr von Wein aus den westungarischen Herrschaften betrachteten sie diese als "Ausland", was meist auf ein Einfuhrverbot des "ungarischen" Weines hinauslief. Lediglich der Wein, den sie auf ihren eigenen Gütern in Westungarn ernteten, sollte zollfrei über die Grenze gebracht werden können. Sie trugen also Mitschuld daran, dass die westungarischen Herrschaften schließlich wieder verloren gingen. Noch 1521 kam es zu heftigen bewaffneten Auseinandersetzungen im Raume Lockenhaus und Güns um die Vogteirechte über das Kloster Marienberg. Die "nationale" Partei hatte die Ernennung eines Laien, Georg Cziráky, zum Abt durchgesetzt, was besondere Empörung hervorrief. 1525 sollte eine Kommission in Ödenburg diese Frage klären, zusammen mit anderen strittigen Punkten, etwa die Zehentzahlungen nach Raab, zu dessen Diözese die westungarischen Herrschaften ja auch weiterhin gehörten, und die Ablieferung der Türkensteuer, die auch weiterhin nach Ungarn erfolgte. In beiden Fällen warf man den westungarischen Herrschaften und ihren deutschen Besitzern nur schleppende Erfüllung der Pflichten vor. Die Kommission ging auseinander, ohne zu einem Ergebnis zu kommen.
In Westungarn selbst kehrte noch immer keine Ruhe ein. Ein neuerlicher Konfliktherd bildete sich im Raume des mittleren Burgenlandes. Ulrich von Weispriach besaß die Herrschaft Landsee und außerdem das an ihn verpfändete Kobersdorf. Nach seinem Tod forderte König Wladislaw seine Witwe Gertrude auf, Landsee herauszugeben. Diese, eine äußerst tatkräftige Dame, weigerte sich jedoch und führte jahrelang eine Fehde, die sich vor allem gegen Ödenburg richtete. Landsee wurde in diesen Jahren zu einem Raub- und Strauchritternest, von dem aus Söldner und noch üblere Elemente, zum Teil auf eigene "Rechnung", plünderten und raubten, ja auch vor Totschlag und Mord nicht zurückschreckten. Die Ödenburger Dörfer wurden immer wieder überfallen, das Vieh weggetrieben, Ödenburger Kaufleute, die man mit ihren Waren erwischte, bedenkenlos ausgeplündert. Die "Geständnisprotokolle" jener, die den Richtern in die Hände fielen, zeigen einen Abgrund an verbrecherischen Handlungen. Mit einer Fehde im ursprünglichen Sinn hatte diese "Landseer Fehde " nichts mehr zu tun. Gertrude aber konnte ihre Besitzungen für ihre Söhne behaupten. Schließlich wurden die Weispriach erneut mit Landsee belehnt.
Im Jahre 1515 fiel eine wichtige Entscheidung im Verhältnis Österreich-Ungarn: Es kam zur habsburgisch- jagiellonischen Doppelhochzeit mit gegenseitigem Erbabkommen. Dieser Vertrag sollte nach Mohacs die ungarische Krone endgültig an die Habsburger bringen.
Die Rückkehr der verpfändeten Herrschaften nach Ungarn
Nikolaus Esterhazy, der neue Grundherr von Eisenstadt und Forchtenstein, seit 1625 Palatin, Anhänger der Habsburger und der katholischen Kirche, ging sofort mit großer Energie daran, die westungarisch - burgenländischen Herrschaften wieder an Ungarn zurückzubringen. Kaiser Ferdinand II. trug mit zum aufziehenden Unheil bei, indem er zu diesem Problem eine gemischte Kommission einsetzte, deren österreichische Vertreter keine Ahnung von der Angelegenheit hatten, ja nicht einmal den Preßburger Vertrag kannten.
Am 19.Jänner 1626, einem schwarzen Tag in der burgenländischen Geschichte, wurde der Eisenstädter Vertrag unterzeichnet. Forchtenstein und Kobersdorf wurden - ohne Rückgabe der Pfandsumme - in das Königreich Ungarn "reinkorporiert". Damit waren aber Esterhazy und der Raaber Bischof Draskovich, der ähnliche Ziele verfolgte, noch lange nicht zufrieden. Sie betrieben gemeinsam die Reinkorporation der übrigen Herrschaften. Dabei ging es auch um die Rekatholisierung dieser Herrschaften, woran auch dem Kaiser gelegen war. Außerdem brauchte man Esterhazy dringend in der Türkenabwehr. Am Ödenburger Reichstag von 1625 wurden Forchtenstein und Kobersdorf endgültig Ungarn reinkorporiert. Am Preßburger Generallandtag von 1647 fiel auch die Entscheidung über die anderen Herrschaften, über Eisenstadt und Güns, Bernstein und Hornstein. 1648 wurden die entsprechenden Gesetze erlassen. Lediglich Eisenstadt und Güns entgingen dem Schicksal, zu Untertanen der neuen Magnaten zu werden: Sie wurden zu königlichen Freistädten erhoben.
Nikolaus Esterhazy begann sofort mit der Vertreibung aller in den Herrschaften begüterter österreichischer Adeliger. Sie erhielten für 1627 eine "Vorladung" nach Mattersburg. Da sie ihre Eigentümerrechte nach ungarischem Recht natürlich nicht beweisen konnten, erklärte sie Esterhazy kurzerhand als "nicht ungarische Edelleute für untauglich, ihre jetzigen Güter zu besitzen". Er bot jenen, die zu einem "Vergleich" bereit waren, geringfügige Entschädigungen weit unter dem tatsächlichen Wert der Güter. Wer sich nicht fügte, wie etwa Rudolf von Stotzingen, wurde einfach vertrieben. Proteste nützten nichts, die Habsburger hielten zu Esterhazy.
Für Westungarn - Burgenland begann die lange Zeit der Esterhazyherrschaft, die sich schließlich ja nahezu über den ganzen nördlichen und mittleren Landesteil erstreckte. Damit verbunden waren nicht nur Unterdrückung im konfessionellen Bereich, sondern auch schwerwiegende wirtschaftliche Rückschläge, da die Esterhazy zumindest versuchten, jene Methoden, die in Innerungarn schon üblich waren und Wohlstand wie Freiheit der Menschen stark einschränkten, auch auch die neuen Gebiete zu übertragen - zum Glück mit weniger Erfolg.